Majlis Sukan Wilayah Persekutuan bekerjasama rapat dengan setiap Persatuan Sukan yang terbabit di bawah program persediaan atlet negara. Setiap perancangan yang dilakukan mendapat kata sepakat antara Majlis dan Persatuan Sukan menerusi platform Jawatankuasa Kerja yang ditubuhkan selaku penyelaras utama program.

Secara dasarnya, atlet yang bernaung di bawah Persatuan Sukan masing-masing tetapi mendapat bantuan dari segi latihan, pendedahan dan pertandingan daripada Kerajaan menerusi Majlis.

Pihak Majlis juga membantu Persatuan Sukan dalam aspek pengukuhan aspek pengurusan dan pentadbiran menerusi bengkel dan kursus agar mereka lebih dinamik, berdaya saing dan mampu membawa persatuan masing-masing ke arah lebih profesional dan efisyen.